Shōgun: Japonya'da 1600 yılında geçen hikayede Lord Yoshii Toranaga, yakınlardaki bir balıkçı köyünde gizemli bir Avrupa gemisi karaya oturduğunda, Naipler Konseyi'ndeki düşmanları ona karşı birleştiği için hayatı uğruna savaşmaktadır.